По долгу службы видел и читал про это дело не мало.
В основном используют самописные.
У кого денег много, те пользуются системой «университет» от ред лаба (по крайней мере несколько лет назад это было очень и очень не дешево, сейчас не знаю как, не уточнял).
Сделать идеальную, универсальную систему очень сложно, потому как в разных ВУЗах организация учебного процесса очень сильно отличается.