Да, с этих серверов будут делаться коммиты.
Основная проблема что на github это выглядит так:
joxi.ru/WKAxLKVtq0NeA8 и соответственно при git glone создается папка www, а на сервере используется public_html.
Решение проблемы:
git config core.worktree "/var/www/site.ru/www/"