Михаил Конюхов

1. Если используете nginx+php-fpm, то fastcgi_param AAA "bbb";. Это выглядит как: $_SERVER["AAA"] = "bbb";
2. Если используете nginx+apache, то SetEnv VARNAME myvariable. Это выглядит как: $_SERVER['VARNAME'] = 'myvariable'.
3. Если хотите универсально, то есть 2 пути:
3.1. nginx-ом добавлять магический http-заголовок добавляемый при передаче от nginx к php (x-any-magic-header). Выглядит это так: $_SERVER['X_HTTP_ANY_MAGIC_HEADER']. Но обязательно нужно вычищать такой заголовок из запроса юзера. Да и это костыль.
3.2. в php есть auto_prepend_file (php.ini, .htaccess, poo.d/www.conf - везде можно нашаманить) и там прям php-кодом насовать что нужно: $_SERVER['CCC'] = 'ddd';

Зависит от того что хотите и степени куда готовы зайти :-)

Найти где ограничение по времени можно так:
1. выводите php_info() в web, либо php5-fpm -i в консоль.
2. Находите все ограничения на 90 секунд в опциях - там очень много ограничений может быть (например session life_time, внезапно но может к такому привести если он маленький)
3. Пробуете менять по одному и методом проб и ошибок находите в чем дело.

Скорее всего дело не в 90 секунд в php. Вам нужно посмотреть лог ошибок nginx/apache/php и увидеть явную ошибку которая произошла. Это может быть что угодно, но судя по тому что "500 - internal server error" я чую, что у апача какие то лимиты/ошибки.

Соберите каждую версию из иходников с --prefix

• /opt/php5.3
  
• /opt/php5.4
  
• /opt/php5.5
  
• /opt/php5.6
  
• /opt/php7.0
  

И заведите нужные FPM из них. По первому разу будет сложно, но я думаю Вы напишите скрипт и второй раз уже не будете собирать руками все версии php :-)

Находите modules/libphp7.so. смотрите на него с помощью ldd:
# ldd modules/libphp7.so
видите каких либ не хватает:

linux-vdso.so.1 (0x00007ffda62f8000)
	libedit.so.2 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libedit.so.2 (0x00007fdb4dc50000)
	libtinfo.so.5 => /lib/x86_64-linux-gnu/libtinfo.so.5 (0x00007fdb4da20000)
	libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007fdb4d670000)
	libreadline.so.7 => not found
	/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007fdb4e098000)

ага, значит libreadline.so.7 не находит. Смотрим есть ли она на самом деле и где:
# find /usr -name 'libreadline.so*'
Если все таки есть: то делаем от рута:
# ldconfig
И повторяем ldd modules/libphp7.so - нашлась либа? более не not found?

Если же либы нет (find не дал результатов), то нужно установить ее.

1. сделайте бекап папки vendor, composer.json, composer.lock
2. удалите папку vendor в вашем проекте.
3. выполните composer install (появится новый не битый vendor)
4. выполните composer update

Если что то пошло не так - не потеряйте бекап)

В том что на этой функции код падает по ошибке. Если ошибку не видно в браузере, то скорее всего ее видно в логах (смотрите error.log-и пхп,апача,nginx, возможно сама cms имеет свои логи).
Так же, если ошибок нет, возможно внутри функции есть die/exit или что то подобное

Из конфига в уме видно плохо в чем дело.... Могу посоветовать как отладить:

1. Проверьте во все нужные стороны с помощью telnet - открывается ли коннект.
2. "php5-fpm -i" и "php5-fpm -m" внутри докера (если там fpm) чтобы увидеть реально цепляется ли xdebug и настройки. Ну либо phpinfo();...
3. посмотрите на netstat -ant внутри докера и снаружи - чтобы понимать что происходит с коннектом, открывается ли он и где теряется
4. в крайнем случае tcpdump на хосте

и вот тут (https://xdebug.org/docs/all_settings ) есть про xdebug.remote_connect_back , возможно натолкнет на мысли. И помоему у докера были уже готовые образы с fpm и настроенным xdebug под phpstorm

1. Вычистить вирусню: clamscan + читать maillog + трейсить вызовы mail.
2. Поставить и настроить suhosin если это преемлимо
3. Все сайты которые возможно использовать в режиме ридонли для fs.
4. В зависимости от cms запретить execute в директориях где не положено.
5. Если есть опыт - настроить naxsi для фильтрафии SQL-инекций
6. Иметь в итоге "чистый" бекап для возможности всё откатить на состояние без вирусов и мониторить активность.

Я бы мог даже взяться за это за недорого, ибо полдела автоматизировано. Вообще это задачка для автоматизации рутины - такой вопрос надо решить один раз и навсегда, ибо будут новые сайты на новых cms с новыми дырами и они тоже со временем станут старыми

В yii есть понятие ConsoleController. В понятиях mvc это контроллер. Только для консоли, нсли я верно понял вопрос

Используйте puppet/ansible/... и не думайте об этом вообще

Варианты источника проблемы:

• У пользователя нет прав к .so файлу модуля
  
• У пользователя нет прав к определенынм ini файлам конфигурации
  

Обычно когда запускается "php -m" - можно увидеть Warning-и о том что он что-то не смог.
Называется это startup_errors - посмотрите основной php.ini и включите опцию чтобы их показывать: display_startup_errors

$ php -m