Все зависит от того как вы собираетесь использовать бета версию вашего сайта.
Если вы уже запустили сайт и хотите чтобы он был основным, то тогда вам необходимо - проставить canonical'ы, в Вебмастерах прописать переезд. Сделать редирект на beta.domain.com.
Если же вы хотите чтобы основным сайтом оставался domain.com - тогда вам необходимо на домене beta.domain.com - поставить rel="noindex nofollow" и в роботсе закрыть сайт от индексации
