Вообще, по моему опыту, на десктопе лучше всегда ставить х86. Там очень мало софта, который требует памяти на один процесс сверх лимита x86. Точнее, его почти нет. Эту архитектуру юзает очень много десктопщиков, по этому она больше отлажена в плане десктопов.
В х86_64 на десктопе обычно проявляются часто баги с драйверами, флешами там всякими и т.п. Приложения на этой архитектуре потребляют больше памяти ОЗУ и на диске, приходится зачастую ставить для совместимости эмуляцию х86.
х86_64 хороша на серверах, она идет без всяких там LowMem/HighMem, более заточена под серверные нагрузки, и опять же, тестируется больше на серверах.