Погуглите ps2pdf (нет, не ps2pdf.com, а именно эту утилиту, работающую с GhostScript).
Она спокойно устанавливается на любой Линукс-сервер и одной командой (можно из пыха) жмет предложенный файл под нужные требования (-dPDFSETTINGS=/ebook, например).
