paran0id

Для безопасного (без возможности восстановления) удаления файлов используйте команду shred. Чтобы убедиться, что они удалены, можете попробовать восстановить удаленные файлы каким-либо способом. Если данные уже были удалены менее безопасным способом, можете занулить свободное место на диске.

Что же касается ssh-ключей - не надо бездумно удалять всё подряд.

В rsyslog есть фильтры.

Попробуйте последовательно остановить nginx, запустить varnish, запустить nginx.
Посмотреть, какой процесс слушает порт, можно командой lsof -i tcp:80

Выясните, что жрет место. В этом поможет ncdu.

Добавьте к команде логирование в файл
>>/var/log/something.log
можно ещё время (date) туда писать для наглядности

Как именно ставите ffmpeg?