У вас на руках договор и акт приема, скрепленные печатями. И то и другое имеет юридическую силу и обязательно к исполнению обеими сторонами. Суду нет необходимости копаться в ваших финансовых договоренностях, вы это уже сами сделали - о чем и составили договор. Вопрос в том, что одна из сторон не выполняет условия договора. Ваш неплательщик может наводить какие-угодно аргументы, но единственный вариант не платить - это оспорить договор и признать его недействительным.
Если вы пишете "Исковое заявление о взыскании задолженности по договору ......" - вопросы безопасности, экспертизы и прочего - это вопросы не по существу. Суд же рассматривает дело по существу. Все, что не касается - выносится в отдельное производство. Встречный иск может быть подан только с заявлением, что по мнению ответчика он ничего не должен, в противном случае иск не будет принят, как не относящийся к делу. Читайте внимательно договор. Что подписали, от того и отталкивайтесь.
Или запускать задачу и резать на минуты в php функцие set_time_limit().
path/to/artisan замените на правильный путь и перезапустите сервер