>> 4) Модель, функция обращается к модели Delete.php и вежливо просит удалить пост с id 12
Не должно быть модели Delete.php, модель используется для хранения данных и применимых к ним бизнес-правил (например, модель "пост" Post). А в модели уже, например, будет метод delete, который удалит пост из базы.
Вообще, попробуйте посмотреть в сторону существующих фреймворков, например Yii (
yiiframework.ru/doc/guide/ru/basics.mvc), в них уже реализована большая часть стандартного функционала, в том числе используется MVC.