Пума Тайланд

нет

Уменьшите свап размер
Откажитесь от зфс
Станет сильно лучше

урезать воркеры апача
урезать потребление памяти mysql
выключить свап если памяти достаточно

Если есть хоть малейшая надежда на рост проектов то 64 бита ставьте, проигрыш не велик, а лишний переезд неприятен

Видно на топе что вся память использована. Чему удивляться то ?

1)Всегда нужен, что делать системе если ей вдруг надо много памяти, а файловый кеш не успела освободить?
2)Если сервер не перегружен файл подкачки почти никогда не используется и никак на ssd не влияет, к тому же у вас наверно рейд и вам без разницы сломался ssd поменяли.

Встречал однажды проблему с новыми дисками с 4к форматингом, если выравнивание неправильное то любая хорошая нагрузка на диск выводит в io до 100 процентов.
В итоге поменяли винты на сервере.
Встречал данную проблему у keyweb.
Выложите модель винтов посмотреть можно в parted /dev/sda