Ручками укажите ему в запросе какой индекс использовать или какой индекс не использовать. К сожалению это косячит оптимизатор mysql. Можно ещё апдейтнуть мускул до последней версии в новых версиях оптимизатор чудит меньше
Если не делаешь никаких изменений на тестовой базе то мастер слейв репликация
если делаешь то раз в неделю заливать в тестовую свежий дамп с продакшена
Во время дампа таблица лочится видимо она большая и сайт ждет пока лок снимется.
зачастую могут помочь вот такие опции
nice -n 19 ionice -c2 -n7 mysqldump --quick --single-transaction