Достаточно пройтись провайдером что бы не гадать в чем проблема настройки тут не помогут так как проверяет на одном юзере, пишите на почту если не разбкретесь
Оптимизировать код . вы вообще какую то фигню посмотрели и фигню написали.
Логично смотреть top логично его привести здесь, логично привести конфигурацию впс наверно это до или аналог за пять баксов
систем тайм может легко отжираться приложением, если у вас нет ничего кроме мускула там то логично что это мускул
посмотрите шоу процесс лист в м омент затупов например
посмотрите иотоп
Обычно иннодб не знает сколько у него всего строк в таблице, если таблица не меняется то первый переход на последнюю страницу будет медленнй , а в следующий раз быстрый, если меняются то всегда будет немного медленно
