Используйте INSERT с множественными VALUES:
INSERT INTO table (col1, col2)
VALUES
(1,2),
(3,4),
....
Это намного быстрее, чем вставлять по одной строке - индексы будут перестроены один раз после завершения транзакции. Или же же более быстрый способ - LOAD DATA INFILE, массовая загрузка данных из внешнего (локального относительно mysqld) файла.