Из топа видно что весь проц зажран, есть мускул один, и много апача и один rm
Для начала убираем rm
логично что тормоза mysql связаны не с самим мускулом, а с тем что апач зажрал весь проц, если апач зажрал, то тут либо не верный конфиг апача или же не верный конфиг php ну или код php как всегда говно и в новой версии оверлоадид модуль php в апаче.