Насколько сейчас актуальна поддержка браузеров без поддержки Javascript

Тем не менее это одни из самых популярных сайтов (под которые подстраивается большинство пользователей) и у них заготовлены мобильные версии чтобы не встретить ошибок JS.

Во что превратилась javascript и что представляет из себя node.js?

Node.js судя по моему опыту — это переходный период до тех пор пока не отрастет борода для Erlang.
p.s. опыт со стороны JS-разработчика

Книгу по Javascript?

Девида Фленагана стоит перечитывать раз в полгода, постоянно находишь новые для себя грани языка.

MySQL не справляется с нагрузкой от веб-приложения, нужны логи для дальнейшего разбора

На тестовый сервер накатите, прогоните тесты и всё.
Или риски касаются возможных будущих проблем с лицензией?

Запуск кода javascript

Вы можете использовать те элементы, которые загружены у вас на момент подключения скрипта.
Логичные решения уже названы: размещать скрипты в конце страницы или использовать

$(document).ready(function{
   //your app;
})

синоним

$(function{
   //your app;
})

А вы строите блок схемы при разработке? Если да, то в какой программе?

На мой взгляд технически подкованному заказчику можно и бумажки слать и на словах описывать. А иному заказчику без этих знаний стоит слать только одно — готовый продукт.