Буковка M в статусе означает что эти файлы уже добавлены в репозиторий или просто в индекс. Игнор не заставит гит игнорировать изменения файлов, которые уже контролируются. Игнор лишь немного помогает случайно не закоммитить новое. Игнорироваться будут только те файлы, которые ещё не проиндексированы и не находятся в репозитории.
Если вам эти файлы не нужны в репозитории, то вы их должны явно удалить из репозитория. Из рабочего каталога только не удаляйте, если они нужны для работы.
