nochkin

Совершенно не критично в данном случае и вполне можно на Windows 10 делать свои проекты.
Если уж сильно хочется попробовать Linux, то можно поднять WSL на той же Windows 10. Но на начальном этапе я бы не рекомендовал, что бы не запутаться на стадии обучения.

Может, надо просто перезапустить MySQL?
Похоже, что она не запущена или упала.

Кроме my.cnf было бы полезно ещё указать конфигурацию сервера (минимально — сколько памяти и cpu) и посмотреть «top» в момент нагрузки.
У меня было похожее когда нагрузка стала вырастать на сервере. Настраивал постепенно через my.cnf и добавлением памяти.
Тут нашёл достаточно много интересных советов и идей: www.mysqlperformanceblog.com/

А в заголовках у самого вебсайта правильно кодировка выставляется?
У меня нет кода VB под рукой, но, возможно, ещё надо поддержку utf-8 в php. Например: http://tympanus.net/codrops/2009/08/31/solving-php-mysql-utf-8-issues/

Я бы сделал то же самое, но не на базе времени, а на базе id с базы данных.
То есть, мы не светим сам id по условиям задачи и результат всегда гарантированно уникален.
Так же можно к нему добавить тот же rand(10,99) если не хочется что бы заказы друг за другом ровно шли.

Если загружен swap, то это серъезная проблема. Надо либо оптимизировать на загрузку памяти (возможно, начать с mysql), либо добавить память на сервер.
Например, можно начать с удалением ненужных модулей и уменьшением количества процессов у apache.