Был такой нудный дедушка Эдгар Кодд. Он как-то из соображений своей нудности взял и объявил что только он знает как правильно делать реляционные базы.
Вобщем его первое правило касается атомарности данных которые лежат в ячейках таблицы. И если в рамках решаемой вами задачи JSON атомарен - то все в порядке и никакой проблемы нету. Храните себе JSON.
Но если внутри JSON будет поле которое способно изменяться независимо от остальной части документа - то старичок Эдгар будет на вас сильно зол. Может даже вас побить.
В наше время уже созданы специализированне БД (Mongo, CouchDb) которые плевали на нормализацию. Они расширяют и ослабляют понятия нормализации. Not-Only-SQL говорят про себя.
