nllm

При неправильном ответе пиши в базу/сессию дату и время ответа.
При последующих запросах сверяйте время запроса и время последнего неправильного ответа + время блокировки. Если время еще не пришло, то просто игнорируйте запрос.

Использовать sleep не очень хорошо.

Да, это возможно.
Читаем файл. В цикле проходим по всем строчкам из файла. Отправляем сообщение.

Вопросов по работе с состояниями было очень много на тостере. Было много ответов.
Посмотрите, там все расписано. Есть примеры.
Если кратко: фиксируете текущее состояние, при запросе от пользователя, смотрите в каком он состоянии, в зависимости от состояния выдаете необходимую ссылку.

В bot api telegram и не должно быть методов для работы с состояниями.
Состояния это уже логика самого приложения, а api это интерфейс для работы с мессенджером.

Самый простой вариант для состояний:
1. Делаем таблицу state, в которой храним id пользователя и его текущее состояние.
2. При каждом обращении к боту проверяем в каком состоянии пользователь. Если обращение в первые, то создаем запись.
3. В логике бота смотрим при каких состояниях, что должно происходить.

Можно все в базу писать, можно redis использовать, можно в памяти держать (если скрипт бота постоянно работает, а не через вебхуки запускается скрипт и после выполнения завершается).

Nginx + Flask