Какая у вас версия платформы и конфигурации?
В новых платформах есть штатный функционал - история данных, который поможет решить ваш вопрос. Краткое описание механизма история данных.
Измененная конфигурация будет не совпадать с типовой при обновлении. Единственный вариант - это использование расширений конфигурации. При этом основная конфигурация не меняется.
