Напишите о вашем производстве, его масштабах. От этого зависит выбор инструмента. Вам уже SAP посоветовали. Может у вас компания 10 человек - какой тут SAP?
nyarloc, третий уровень из вашего вопроса - это очень интересная деятельность. Я, в качестве фриланса, занимаюсь подобным. Очень круто когда твои решения удачно вписываются в бизнес и дают ощутимую выгоду, которая выражается конкретными суммами в доходе компании-заказчика.