Попробуйте посмотреть в веб-версии ЯД историю потерянных файлов. Возможно, вы поймете время удаления (до или после перезагрузки, может быть спустя какое-то время после загрузки компьютера), по которому уже можно смотреть, например, системные логи.
Доменное имя в случае выделенного сервера привязывается на DNS-сервере.
Веб-сервер прослушивает сконфигурированные порт (для http по умолчанию 80) на сервере.
Клиенты спрашивают у DNS-сервера IP-адрес по доменному имени, посылают запрос на полученный IP-адрес и указанный порт (по умолчанию 80), после этого сервер обрабатывает запрос.
Среди прочего, сервер получает в заголовке доменное имя и умеет его по-разному обрабатывать ("виртуальный хост")
Денис Иванов: логично, что при работе с элементарными объектами использование DocumentFragment дает оверхед, поскольку при одинаковом результате добавляется дополнительная операция на работу с фрагментом.
Однако, самая ресурсоемкая операция при вставке сложных объектов - отрисовка. При итеративной вставке отрисовка происходит на каждой итерации, тогда как при использовании фрагмента - один раз.
Если у вас не умещается результат одного запроса, то, опять же, есть нессколько вариантов:
1) пробуете использовать итераторы
2) разбиваете обработку данных на несколько "пачек" средствами MySQL (LIMIT,OFFSET) и обрабатываете каждую
3) не используете объекты, а работаете напрямую с PDO
Тут еще важно, что вы делаете потом с таким количеством ID. Может быть найдется способ отказаться от загрузки всех идентификаторов.
Обновил комментарий.