В любом случае потребуется кастомизация компонентов каталога (если, конечно, вы на них делаете). Элементы ИБ могут привязываться к нескольким разделам, поэтому заниматься увеличением базы вдвое, как предлагают выше, не надо.
1. Инфоблок товаров должен быть привязан ко всем сайтам, где эти товары будут выводиться.
2. Корневые разделы ИБ создаются для конкретного сайта. Т. е. структура ИБ будет следующуя:
сайт 1
умывальники
унитазы
золотые
серебряные
сайт 2
ящики
металлические
пластиковые
коробки
3. Для разделов ИБ создайте свойство, в котором будет храниться идентификатор сайта.
4. В компоненты ко всем запросам в ИБ добавьте фильтр, что бы данные забирались только из секции для текущего сайта (в п. 3 мы добавили свойство для этого).
5. Поиск будет индексировать весь ИБ. Поэтому, вам нужно написать перехватчик события, который корректно распределит индексирование между сайтами.
