Евгений Николаев

Уходите от старого ядра, пишите все на d7.
По d7 к сожалению инфы еще мало, но все таки кое-что есть в документации,
вот эти страницы у меня всегда в закладках
https://mrcappuccino.ru/blog/post/work-with-basket...
https://mrcappuccino.ru/blog/post/work-with-order-...

Пару лет успешно натягивала компонент order.ajax на нужную верстку, в этом году терпения уже не хватает, теперь заказы делаем чисто на api. корзину тоже уже часто делаю на api.
компонент типа новости - пока не делаем свой, только потому что не решили, как кешировать данные. А так вообще ничего плохого, что не пользуетесь компонентами, не всегда они являются более лучшим решением. С умным фильтром бы еще чего придумать...

Вообще более серьезные проекты используют битрикс только для админки, публичная часть делается какими-нибудь фреймворками и апи битрикса. Так что могу только порекомендовать стремиться к этому.
Про нагрузки - у битрикс есть курсик про это. Рекомендации по настройкам nginx и mysql причем не плохие (хотя тесты в админке что вычисляют - не совсем согласны).

остарайтесь что бы вам "зашли" курсы и уроки. Почитайте блоги разработчиков на самом битриксе.
Использовать стандартные компоненты не всегда хорошо, даже если задача решаема ими, часто видно заранее, что в случае расширения функционала, стандарт не потянет.
Если делаете многое через АПИ, но при этом не делая своих модулей и компонентов, то начните их делать, сразу много насчет что "стандартное", а что нет.
Недопустимо в битриксе трогать ядро, и то если обновления нужны. А так, вам дали продукт с набором модулей и компонетов, которые в большинстве случав пытаются натягивать сову на глобус, нужно быстро - натягивайте, нужно качественно и узко - пишите свой модуль, или делайте копию стандартного и пилите его. Остальное все допустимо, только чем дальше от стандартов тем ближе God-программист)

Не помечаются где? В админке?
Есть такая ошибка/фича.
Если СУММА заказа не совпадает с суммой оплаты - оплата стоит оплаченная, а заказ помечается неоплаченным до тех пор пока суммы не совпадут.
Проверьте документ оплаты - возможно в нем все количества по одной штуке.