остарайтесь что бы вам "зашли" курсы и уроки. Почитайте блоги разработчиков на самом битриксе.
Использовать стандартные компоненты не всегда хорошо, даже если задача решаема ими, часто видно заранее, что в случае расширения функционала, стандарт не потянет.
Если делаете многое через АПИ, но при этом не делая своих модулей и компонентов, то начните их делать, сразу много насчет что "стандартное", а что нет.
Недопустимо в битриксе трогать ядро, и то если обновления нужны. А так, вам дали продукт с набором модулей и компонетов, которые в большинстве случав пытаются натягивать сову на глобус, нужно быстро - натягивайте, нужно качественно и узко - пишите свой модуль, или делайте копию стандартного и пилите его. Остальное все допустимо, только чем дальше от стандартов тем ближе God-программист)