Во первых у SSD есть всякие аппаратные приколюхи типа кеша.
Во вторых - что то мне подсказывает что у них разный ресурс записи/перезаписи.
В третьих - условный контроллер подключения - тоже у SSD явно лучше.
дак у них разница в одном блине, причем который вероятно просто "отключен"(есть физически) в 500гб диске. Потому что производить 500гб на отдельной линиии конвейра тоже не выгодно - вероятно отбраковка по одному из блинов.