Я писал такое пользуясь функциями:
- wp_get_nav_menu_object() — получить объект меню
- wp_update_nav_menu_object() — обновить объект меню
- get_nav_menu_locations() — получить массив зарегистрированных областей меню
- set_theme_mod() — установить область меню
- wp_get_nav_menu_items() — получить элементы меню
- wp_update_nav_menu_item() — обновить элемент меню
Но, скажу сразу, информации об этом я нашел мало, а накосячить так, что у вас все ссылки задублируются проще простого
