Все, разобрался. Я неверно себе представлял отличия между микросервисом и инстансом микросервиса.

Все инстансы одного микросервиса в большинстве случаев смотрят в одну БД (или replica set), а уже сама БД масштабируется отдельно от инстансов сервиса.