В коде файла ajaxupload.js нельзя использовать вывод php-переменных. Этот код не обратабывается php, и вот этот код:
$('#'+<?php echo $name_id_input_file; ?>)
так и останется с открывающимся тегом php, переменная $form_id заменена не будет. jQuery не найдет ничего по такому селектору, и не привяжет никаких событий к форме. Можете попробовать открыть загруженный js-файл в консоли браузера, и посмотреть, какой код с действительности там оказался.
Варианта вижу 2:
1. Неравильный и быстрый
Перенести весь js-код из файла ajaxupload.js внутрь цикла в php-файл, заключив его в теги script. В этом случае на каждую форму будет создаваться отдельный кусок js-кода именно под эту форму, и рендериться он будет силами php, там будут доступны нужные переменные.
2. Лучше
Событие submit в js-коде нужно привязывать не к каждой отдельной форме по её идентификатору, а ко всех формам со схожим поведением и структурой, при этом им все нужно указать одинаковый класс. Выбирать формы для привязки события submit нужно через селектор по классу, а не по id. Внутри события нужный конкретный id формы уже можно будет брать из атрибутов тега form.
