В интернетах 100500 статей, как это сделать, никто не будет писать 100501, т.к. принципиально ничего не меняется уже много лет. В конце концов, воспользуйтесь поиском по тостеру, не плодите мусор.
Это стандартная директория для стандартных задач, типо Вашей. И это самое правильное решение, т.к. позволяет легко идентифицировать скрипты, которые у Вас запускаются. =)
1. ldd /usr/lib64/libmagic.so && rpm -qf /usr/lib64/libmagic.so
2. Отлично
3. Если все репы одновременно включены, боюсь у Вас там каша полная. Нельзя так делать.