Facebook программирует на Lua и библиотеке Torch
Google - на Python и Tensorflow
Университет Монреаля во главе с Yoshua Bengio развивает Theano под Python
У Microsoft Research есть CNTK
Хардкорные ученые используют Matlab
По моему опыту, Python поудобнее будет. По производительности тоже ок - там внутри во всех библиотеках все равно сишка вертится.