Не совсем понял в чём вопрос. Если под "глубокое вложение классов" вы подразумеваете то, что функции-конструкторы у вас являются свойствами объектов, вложенных в другие объекты, то у вас ничего не поменяется:
let Root = {};
Root.Child = {};
class MyClass {
constructor(prop1, prop2) {
this.prop1 = prop1;
this.prop2 = prop2;
}
}
Root.Child.MyClass = MyClass;
var instance = new Root.Child.MyClass('super', 'great');
console.log(instance);
Если же вы имели в виду сильно вложенное наследование RootClass -> ChildClass -> ChildOfChildClass. То хотелось бы от этого предостеречь и дать несколько ссылок на английские ресурсы. Лучше сразу приучаться делать правильно (по-крайней мере так принято):
Yuotube ролик - Composition over inheritancePrefer composition over inheritanceCommon Misconceptions About Inheritance in JavaScript3 Different Kinds of Prototypal Inheritance: ES6+ ...The Open Minded Explorer’s Guide to Object CompositionThe Two Pillars of JavaScript