В общем разобрался сам. В pytest-е в файле с настройками conftest.py можно объявить такую
функцию, которая сразу после запуска тестов собирает все шаги в модуле, и дальше с ними можно проводить уже свои манипуляции. И при этом никакими декораторами шаги обвешивать не надо. А связать все это с джирой, думаю уже дело техники.
def pytest_collection_modifyitems(items):
skip_mark = pytest.mark.skip()
for item in items:
if <keyword> in item.function.func_name:
item.add_marker(skip_mark)
