Только ли по точкам и запятым? Бывают ещё переносы строк, двоеточия, знаки вопроса и т.п. Кроме того, вам же не нужны пустые слова из-за того что в конце строки оказалась точка или лишний пробел. Оптимальным решением будет:
>>> input=' Your string with spaces, commas; dots...'
>>> re.sub('\W', ' ', input).split()
['Your', 'string', 'with', 'spaces', 'commas', 'dots']
Единственный минус - такое решение сильно медленнее, а без регэкспов у питона нет нативных функций трансляции символов как в Си (сюрприз).