mystifier

Думаю решением вопроса будет использование hikari connection pool (HikariCP) с несколькими соединениями.

Как именно недоступны файлы?

Для доступа к файлам в ресурсах обычно использую:
String localName = context.getRealPath("/resources/") + "какое-то имя файла";

context - это
@Autowired
ServletContext context;

Как вариант можно создать Interceptor - наследник org.hibernate.EmptyInterceptor и в методе onPrepareStatement подменять хоть схему, хоть имя таблицы . Для этого нужно, чтобы была информация о профиле сборки(dev/prod).

На поросшем мхом jquery это будет выглядеть как-то так (подразумевается, что backend отдает ответ в виде json):

$('#id-form').submit(function() {
	// заполняем value1,2,3 и т.д 
	$.post($('#id-form').attr('action'), {
		'field1' : value1,
		'field2' : value2,
		'field3' : value3
	// и т.д
	}, function(response) {
		//Выводим результат
	}, 'json');

	return false;
});

Как-то так (тут без rest, но разница минимальна). json получаем, json отдаем. Обработка по вкусу...

@RequestMapping(value = "/some_city/", method = RequestMethod.POST)
public @ResponseBody SomeCity someCity(@RequestParam(value = "somecity", required = true) String somecity) throws Exception {
		Gson gson = new Gson();
		SomeCity data = gson.fromJson(somecity, SomeCity.class);			
		return data;
	}

Можно отдельно запустить где-нибудь определение хешей для нужных паролей.
А потом в insert вставить нужный хеш.

BCryptPasswordEncoder passwordEncoder = new BCryptPasswordEncoder(8);
String hashedAdmin = passwordEncoder.encode("admin");
String hashedPassword = passwordEncoder.encode("password");

Если в Spring нужно было выдать сгенерированный excel-файл использовал наследование от AbstractXlsxView.

Например public class SbCCDetailsXlsxReport extends AbstractXlsxView
...тут формируем excel...

Потом в конфиге определяем viewresolver:

@Bean
public ViewResolver getXmlViewResolver() {
	XmlViewResolver resolver = new XmlViewResolver();
	resolver.setLocation(new ServletContextResource(servletContext, "/WEB-INF/spring/views.xml"));
	resolver.setOrder(1);
	return resolver;
}

Во views.xml

<bean id="excelViewSbCCDetails" class="somepackage.SbCCDetailsXlsxReport" />

А в контроллере
return new ModelAndView("excelViewSbCCDetails", model);

Можно использовать scope provided в pom.xml.
Пример:

<dependency>
    <groupId>javax.servlet</groupId>
    <artifactId>javax.servlet-api</artifactId>
    <version>3.0.1</version>
    <scope>provided</scope>
</dependency>