Разбираюсь в правах доступа на папки внутри веб-сервера apache в ubuntu, как подружить юзера и www-data?

AlexeyKolodchenko, любой php скрипт будет запущен с правами Apache, а значит будет иметь доступ в любою папку. Тут либо suexec либо mod-itk. И никаких общих пользователей/групп на папки сайтов.