Muhammad

С помощью apm: flight-manual.atom.io/hacking-atom/sections/publishing

git rebase -i HEAD~N

- где N - количество мусорных коммитов. Нужно будет выполнить squash. Для этого на первой строке пишем p (pick up), а на остальных s (squash).

После того, как исправите ситуацию в локальном репозитории сделайте принудительный пуш:

git push -f

stackoverflow.com/questions/22575662/filename-too-...

Создаете репо на битбакет, делаете первый коммит, все остальные клонируют этот репозиторий.

2. Каким-то образом автоматизировать процесс обновления основного сайта из dev > в продакшн.

Самое простое - git pull

Не перезатрем ли мы друг друга?

Нет. Конфликтные ситуации можно разрешить при объединении (merge) коммитов.