Не особо разбираюсь в этой теме, но если немного подумать:
1. Шары ненадежны и могут лопнуть при столкновении с острыми объектами (ветками деревьев, например)
2. Квадрокоптер станет менее управляемым и может быть легко унесен ветром
Устанавливаешь драйвер для программатора. К МК он подключается с помощью макетной платы: соединяются ноги МК и контакты программатора в соответствии с даташитом + в инете есть распиновка для программатора