Вот как раз с этого и начинаются все проблемы, когда вы пассатижи начинаете использовать как молоток, просто потому, что привыкли к молотку.
Можно делать так:

app.controller('MainController', ['$scope', function($scope) {
  $scope.title = 0;
  // с помощью bind() можно явным образом задать контекст
  $scope.clickFn = nameFuncion.bind($scope);
}]);

function nameFuncion(){
  this.title = 1;
}