Первое быстрее. Второе удобнее. Если грубо проверить в консоли:
start = Date.now();
for (let i = 0; i < 10000; i++) {
let el = document.querySelector(".layout__body");
}
console.log(Date.now() - start);
Разница в скорости примерно в три раза, а чтоб ее увидеть в консоли, надо, хотя бы, 10000 раз выполнить действие. И даже так счет 4 против 12 миллисекунд.
Преимущества и недостатки обоих способов очевидны без тестов и скорость тут имеет не приоритетное значение. Любители стрелять себе в ногу могут пользоваться первым способом для выборки. Нормальные же люди пользуются первым способом когда программно надо пробежаться по потомкам/родителям и что-то найти.