1) Качаем фиксер нажатием по большой кнопке Install
cs.sensiolabs.org
2) Ложим фиксер в любое место
3) В переменных средах прописываем путь к php
4) В настройках Atom Beautify, в Executable в PHP-CS-FIXER пишем абсолютный путь к фиксеру (например C:\Users\Username\AppData\Roaming\Atom\php-cs-fixer-v2.phar)
!!! В настройках Atom Beautify в настройках PHP заполнять ничего не нужно! PHP-CS-FIXER PATH писать ничего не нужно, можно только поставить галочку на Beautify on save. Если не ставите, то beautify включается при нажатии ctrl+alt+B