Тимофей

SSR подразумевает исполнение кода vue компонентов на сервере, так что именно ssr сделать на php не получится. Для этого нужно поднимать node сервер, сделать нормальную сборку и т.п.
2 более простых варианта:
1) Использовать пререндеринг для страниц с vue компонентами, что всё равно потребует установки node сервера, но само приложение менять не придётся.
2) Тупо дублировать разметку в компоненте и на сервере.

В общем, какой-то чудесной серебряной пули, которая быстро и без геморроя решит задачу, не существует.

Именно повторить - никак. Каждый компонент должен иметь единственный элемент верхнего уровня, и с этим ничего не поделать. Так что либо через tbody, как писали выше, либо дробить на несколько компонентов, либо оставить всё в цикле template v-for.

Если не давать сторонним разработчикам вклиниваться в процесс сборки и вообще не давать возможность пересобирать проект, то силами webpack такое вряд ли можно провернуть. В webpack модули должны быть предсказуемыми на момент сборки и, насколько я знаю, динамически их загружать из внешних источников не выйдет.
Можно либо всё-таки пересобирать проект при добавлении сторонних плагинов и просто подгружать все плагины из определённых папок (с помощью require.context), либо писать собственный динамический загрузчик.
Передача зависимостей плагинам - вообще не проблема при любом из подходов. Просто каждый плагин должен иметь какую-то функцию инициализации, в которую вы можете передать нужные зависимости в качестве аргументов. При желании можно даже какой-нибудь DI замутить.

ВАЖНО! Ниже строго ИМХО.

Если коротко, то либо Angular 4, либо Vue.

Angular (почти) привязан к TypeScript (что не плохо, но стоит иметь в виду) и строг с точки зрения подходов к разработке. Он отлично подходит для крупных компаний, где много разработчиков трудятся над одним проектом. По крайней мере из всех существующих фреймворков/библиотек он лучший в сегменте.
Ну и, разумеется, Angular 1 уже можно даже не рассматривать - это фактически совсем другой фреймворк, да и плюс один из первых в своём роде. На нём была произведена своеобразная работа над ошибками, результат которой мы видим сейчас не только в Angular 2/4, но и во многих других фреймворках/библиотеках.

Vue - это вариант гораздо более простой и понятный, но оттого не менее крутой. Он даёт больше свободы, что скорее плохо для больших команд, но зато писать на нём одно удовольствие. Я бы сказал, что Vue вобрал в себя всё лучшее от Angular и React, в итоге став полноценной альтернативой первому и заменой второму. Он сейчас очень активно развивается и вангую, что рано или поздно он вытеснит React.
И я не утверждаю, что React плохой, просто Vue объективно лучше по всем параметрам. Пока что кроме сообщества в силу разницы в возрасте, но это временно.

Все остальные фреймворки/библиотеки стоят внимания только разве что в целях ознакомления, так как они не дают никаких ощутимых преимуществ перед Vue или Angular.

1. Для начала по SSR не нужно заморачиваться - пускай рендеринг всегда исходит из того, что пользователь не авторизован. Всё остальное можно подгрузить на клиенте при необходимости.

Какой порядок аутентификации нужен

- довольно странный вопрос, так как это решать вам в зависимости от того, какие условия задачи :) Предполагая, что вам нужно узнать, какие есть варианты, могу сказать, что в общем их 2 - стандартная для сайтов история с куками и сессиями или получение токена и дальнейшая авторизация по нему, то есть стандартная история для всяких REST API.
2. Если имеется в виду stateless авторизация на клиенте через OAuth, то есть замечательная библиотека для этого. Если не хочется тянуть такую большую зависимость, то можно и самому реализовать - там всё довольно просто. Могу подсказать конкретнее, если интересно. На бэкенде можно взять готовое решение, коих куча для любого языка/фреймворка/CMS.
3. Тонкостей особо нет. Получил токен или куку сессии и всё. Дальше уже всё зависит от того, что конкретно нужно реализовать.

Всё, что касается процесса подтверждения email относится к бэкенду, так что тут всё стандартно, и SSR ничего не меняет. Опять же, есть куча готовых решений для любой платформы. OAuth можно тоже полностью отдать бэкенду, но тут нужно понимать, что тогда не получится этот бэкенд использовать для stateless API.

Вот это должно решить проблему. Там примеры с параметрами пути, но с query тоже должно сработать. В любом случае, если не сработает beforeRouteUpdate, то watch $route точно сработает.