Yii2 можно использовать по разному.
1. Фреймворк в единственном экземпляре и его используют все сайты.
2. Для каждого сайта своя копия фреймворка.
Если ядро не менялось то весь сайт лежит в web, controller, models, views, config.
Поднять базы данных и настроить подключение.
а вообще composer update тебе в помощь.