Берете за основу структуру приложения advanced, только вместо frontend, и backend, у вас будут свои приложения для нужд проекта. То-есть получается несколько фронтенд приложений, и одно бекенд приложение + база данных на всех. Что касается производительности и 100 000 аккаунтов, то тут вам в помощь шардинг, репликация и т.д.
Если логика разделения ролей сложная, то тут без RBAC никак, и стандартное решение Yii2 наверняка с ней справится.