Софт с бардаком бороться не помогает.
Отстройте нормально процессы, зафиксируйте владельцев процессов — они будут в рамках них порядок наводить. Владельцев процессов потом и нагибайте если что не так. Не ленитесь писать бумажки, чтобы фиксировать решения.
И только потом автоматизируйте.
Сами же от своего руководителя берите только понятные задачи при этом вместе с полномочиями по решению, и решайте именно их, при этом так же фиксируйте постановку задач, делегирование полномочий, решения в протоколах/приказах и т.п.