За исключением пары редких случаев, вам не надо напрямую работать с папкой .git. Более того, есть большая вероятность угробить локальный гит репозиторий своими действиями. Если вы понимаете, зачем вам это надо, то Settings->Editor->File Types и там убрать внизу .git из игнорируемых типов файлов и папок.
