Экранирует json_encode(); это нормально. Хотелось бы уточнить с каким форматом данных работает ваше приложение JSON или HTML если json, то все нормализовано, а если html, то вам надо вывести данные, сформировав html код
Такого скрипта не существует, так как это индивидуальный подход, готов помочь процедурой чистки, а так же настроить сервер так, чтобы подобного не повторялось, разумеется за ваше вознаграждение =)
Если запросы будут только от вас, в одном потоке(то есть по очереди) то можете использовать только одно названия файла, если запросы от пользователей, до к имени файла добавьте его id, а если же многопоточно, то можете добавить еще и номер потока.
P.S. Фалы создаются автоматически, просто укажите отдельную папку для них, предварительно создав ее
Да! Очень надежная связка получается, только по такой и работаю. Для примера сайт вконтакте, работает на nginx, а php они немного модифицировали под себя, но связка примерно такая же