Пришел ответ от Яндекс-денег:
«Это так называемая курсовая разница, она возникает при платежах в валюте, отличной от рублей.
В момент авторизации платежа с Вашего счёта списывается сумма в рублях по курсу Mastercard на этот момент. Окончательное списание денежных средств происходит через несколько дней, по курсу банка ТКС на день списания. Курс валют в банке ТКС несколько отличается от курса в системе Mastercard (как правило, немного выше).
Если у Вас есть карта другого банка, Вы можете сверить цифры в смс-информировании и в выписке по счёту и убедиться, что при оплате валютой происходит то же самое, только это гораздо сложнее найти. У нас это прозрачно и видно.»