error: The following untracked working tree files would be overwritten by merge: в том, что в папке, где вы инициализировали репозиторий командой git init, уже есть какие-то файлы. .git.git status. fatal: LF would be replaced by CRLF in index.php, из-за чего в индекс не добавляются изменения.
index.php, и тогда первая исчезнет сама собой.