Egor

copy.com
Вполне удобный сервис.

Есть 15 ГБ бесплатных, а также клиенты для unix, mac, windows + смартфонов.

На deviantart есть работы, помеченные как Creative Commons.

Можно использовать inotify, FAM или Gamin.
Также, для решения задачи подойдет supervisord.

Apache2: отредактировать конфигурацию, ограничить MaxClients. В идеале или расположить его за Nginx или действительно использовать связку nginx+php-fpm. Apache2 - это не web-сервер, а сервер приложений в первую очередь, стоит это учитывать и грамотно использовать.

Mysql: используйте mysqltuner.pl для выявления узких мест в конфигурации, ограничивайте максимальное использование памяти, изменяя указанные скриптом переменные. Рассмотрите вариант использования Percona или MariaDB.

Для отслеживания потребления ресурсов пользуйтесь htop.

Могу порекомендовать использовать backupninja для инкрементальных бэкапов.
Основное достоинство - это удобная и простая реализация. Web-интерфейса нет, но вся конфигурация указывается через псевдоинтерфейс в консоли, поэтому вручную писать не придется.
В ней используется rsync для инкрементального бэкапа, есть возможность экспортировать базы данных, хранить бэкапы как локально, так и удаленно. Реализована возможность для шифрования.
Если что-то требуется сделать самому, то можно без лишних трудностей написать для нее плагин.